АО «Ленморниипроект» ведет свое начало от образованной 12 (24) июня 1885 года Строительной части Временной Комиссии по устройству коммерческих портов при Министерстве путей сообщения Российской империи, утвержденной Александром III. Основателем учреждения является известный русский мореплаватель адмирал Константин Николаевич Посьет (1819 – 1889).
После Октября 1917 года Строительная часть была реорганизована в Отдел торгового портостроения Комитета государственных сооружений.
В 1924 году Отдел торгового портостроения был реорганизован в Бюро по проектированию морских торговых портов, а в 1929 году – в Управление по изысканиям и проектированию портов Севера и Запада, на основе которого в 1931 году был создан Государственный институт проектирования и изысканий на водном транспорте (Гипроводтранс).
В 1939 году Институт был преобразован в Ленинградскую проектно-изыскательскую контору «Ленморпроект».
В 1940 году на базе Проектно-изыскательской конторы Ленинградского морского порта образовалась Проектно-изыскательская контора «Ленморпроект».
В период с 22 августа 1941 г. по 18 апреля 1944 г. контора «Ленморпроект» находилась в Куйбышеве.
С 26 июня 1945 года контора переименована в Ленинградское отделение «Ленморпроект» Союзного объединения проектных организаций «Союзморниипроект» (ЛО «Ленморпроект»).
1 августа 1953 года приказом Министерства морского и речного флота СССР от 25 июня 1953 г. № 195-пр ЛО «Ленморпроект» переименовано в Ленинградский государственный институт изысканий и проектирования на водном транспорте «Ленгипроводтранс».
1 октября 1954 года приказом Министерства морского флота СССР от 30 сентября 1954 г. институт переименован в Ленинградское отделение Государственного института по проектированию морских портов и судоремонтных предприятий «Союзморпроект» («Ленморпроект»).
Приказом Министерства морского флота СССР от 18 февраля 1957 г. № 50 в состав «Ленморпроект» включена проектная организация «Ленгипроарктика». В 1961 году «Ленгипроарктика» выведена из состава и передана в «Ленаэропроект».
3 сентября 1960 года приказом Министерства морского флота СССР от 25 июля 1960 г. № 177 институт переименован в Ленинградское отделение Государственного проектно-конструкторского и научно-исследовательского института морского транспорта «Союзморниипроект» (институт «Ленморниипроект»).
Приказом Министерства морского флота СССР от 28 октября 1971 г. № 181 Ленинградское отделение переименовано в Ленинградский филиал Государственного проектно-изыскательского и научно-исследовательского института морского транспорта «Союзморниипроект» (институт «Ленморниипроект»).
Приказом от 4 декабря 1990 г. №81 Министерства Морского флота СССР Ленинградский филиал «Союзморниипроект» – «Ленморниипроект» преобразован в самостоятельную организацию, подчиненную Министерству Морского флота СССР, действующую на полном хозяйственном расчете и самофинансировании, с наименованием: Государственный проектно-изыскательский и научно-исследовательский институт морского транспорта «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ».
30 июня 1993 года по решению Комитета по управлению городским имуществом мэрии Санкт-Петербурга Государственный проектно-изыскательский и научно-исследовательский институт морского транспорта «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» реорганизован в Акционерное общество открытого типа «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» по проектированию, изысканиям и научным исследованиям в области морского транспорта (АООТ «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ»), зарегистрировано решением Регистрационной палаты мэрии Санкт-Петербурга от 12.07.1993 г. №4086.
30 августа 1996 года по решению Регистрационной Палаты Санкт-Петербурга от 30.08.1996 г. №50387 Акционерное Общество Открытого Типа «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» переименовано в Открытое акционерное общество «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» по проектированию, изысканиям и научным исследованиям в области морского транспорта (ОАО «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ»).
31 августа 2015 года ОАО «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» переименовано в Акционерное общество «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ» по проектированию, изысканиям и научным исследованиям в области морского транспорта (АО «ЛЕНМОРНИИПРОЕКТ»)